蔡确罢相后，出知陈州。次年，蔡确再贬安州。在安州游车盖亭时，蔡确写下了《夏日游车盖亭》十首绝句，诗被与蔡确有过节的吴处厚所得。

　　吴处厚将蔡确的诗上呈朝廷，说内五篇皆涉讥讪，而二篇讥讪尤甚，上及君亲。诗中有“矫矫名臣郝甑山，忠言直节上元间”之句。郝甑山，安州人，唐高宗曾想让位给皇后武则天，郝甑山上奏反对。吴处厚曲解诗意，说此处是将高太后比作武则天。

　　此案又牵出蔡确当初与邢恕拥立之谋，高太后怒不可遏，将蔡确贬到新州。执政大臣以蔡确母亲年老，岭南路远，主张改迁他处，高太后却说：“山可移，此州不可移。”

　　范纯仁忧心忡忡地对吕大防说：“此路自丁晋公后，荆棘六七十年矣，奈何开之？吾侪正恐亦不免耳。”

　　——这条路自丁谓之后，已荆棘七八十年了，一旦重开，吾辈只怕将来也要重蹈此路了！

　　右谏议大夫梁焘又密奏道：蔡确本出于王安石之门，相继秉政垂二十年，奸邪群小交结趋附，根深蒂固，牢不可破。谨以王安石、蔡确两人亲党开具于后。蔡确亲党：安焘、章惇、蒲宗孟、曾布、蔡京、蔡卞、舒亶、邢恕等四十七人。王安石亲党：蔡确、章惇、吕惠卿、王安礼、彭汝砺、沈括、张商英等三十人。

　　于是高太后宣谕说：“蔡党多在朝。”右相范纯仁谏言道：“确无党。”左相吕大防进言：“确党甚盛，纯仁言非是。”刘挚亦助吕大防，言有。范纯仁极力谏道：“朋党难辨，恐误及善人。”

　　结果是，被列于蔡、王亲党之人，未贬者，被贬；已贬者，重贬。且将其黑名单张贴于朝堂，告诫永不再用。

　　此即车盖亭诗案，开启了宋朝全面清算式地狱之门——党锢。

　　苏轼回朝三年多，目睹了旧党拼命打压王安石新党人物及尽废新法，认为旧党与新党实乃一丘之貉，再次向朝廷提出谏议。他对旧党执政后，暴露出的腐败现象进行了抨击，由此，他又引起了保守势力旧党的极力反对，于是又遭诬告陷害。苏轼至此是既不能容于新党，又不能见谅于旧党，因而一再请求外调。

　　元祐四年，即公元一零八九年，春，翰林学士兼侍读苏轼，罢知杭州。

　　苏轼回到杭州，上任不久，杭州大旱，疫情四起。

　　是时的病情表现为手脚冰凉，腹痛腹泻，发热恶寒，肢节疼肿，许多人因为无钱拿药，悲惨死去。

　　苏轼认为这场疫情属于湿疫，可以用他早年从朋友手上讨来的秘方圣散子治疗，试治结果是：连饮数剂，即汗出气通，饮食稍进，神宇完复。

　　当时苏轼朋友告诉他不得外传此方，然而此刻性命关天，苏轼直接公开了药方。此外，苏轼变卖家财，得黄金五十两，同时号召城内的富商豪家捐款，得钱二千贯，开了一座病坊——“安乐坊”。

　　苏轼奏请朝廷，减免两浙西路贡米一半或三分之一。奏疏上了之后，朝廷诏许留贡米三分之一，由是平抑米价。

　　元祐五年，春。

　　取消了青苗法之后，地方政府没有财力放贷。到了春天青黄不接的时候，苏轼无力救助百姓，只能下令将常平仓米减价出售给平民百姓，还派专人每天烧粥，施舍给穷人。

　　苏轼想用范仲淹救灾之法，通过治理西湖，解决贫民就业问题。这个时候，苏轼才想起免役法的好处来，通过向富裕人家缴纳免役钱，雇佣失业贫民，解决贫民现实困难。可是免役法已经取消，在灾年使用差役只能增加百姓的负担，于是，苏轼只能称疫病是由西湖水引起，请求疏浚西湖。朝廷只需一纸诏令就可以动工，地方政府就可以派遣差役。这个时候，凭着苏轼与高太后十分密切的关系，且弟弟苏辙在高太后身边任翰林学士，朝廷开恩赠给杭州度牒百道，以疏浚西湖。这些可以免死免税免役的出家人度牒被苏轼高价卖掉，换来一二万贯钱，雇请民工来疏浚西湖。

　　纵观此次杭州救灾事件，有几个偶然性：其一，恰好苏轼有圣散子药方，所以抗疫成功；其二，苏轼向朝廷奏请减免三分之一贡米，朝廷恩准了；其三，苏轼提出治理西湖工程，朝廷恩准一百道度牒。

　　这天下，有多少人能像苏轼一样自己以前是翰林学士，现在朝内还有一个弟弟是翰林学士？

　　如果换一个太守，以上三件事每一样都很难办成。

　　相反，如果青苗法、免役法存在，任何太守都可以轻易就办成以上三件事：用青苗法放贷，解决百姓看病没钱，解决百姓青黄不接困难；用增加政府公共工程，从富人手里缴纳免役钱，用这些钱雇佣贫民，解决贫民生活困难问题。

　　这就是法治胜于人治。

　　直到此时，苏轼才从此次救灾中体会到新法之好。

　　孟子说：“穷则独善其身，达则兼济天下。”

　　北宋两位改革家，范仲淹是这样的人，王安石也是这样的人。

　　新法被废已经五年了，新党成员被罢黜朝外也多年，宰相吕大防、副相刘挚欲稍引用，以平宿怨，谓之“调停”。

　　高太后疑虑不能决。

　　御史中丞苏辙上疏，内云：“亲君子，远小人，则主尊国安；疏君子，任小人，则主忧国殆。此理之必然。未闻以小人在外，忧其不悦，而引之于内以自遗患也。...且君子小人，势若冰炭，同处必争；一争之后，小人必胜，君子必败。何者？小人贪利忍耻，击之则难去；君子洁身重义，沮之则引退。古语曰：‘一薰一莸，十年犹有臭’，盖谓此矣。先帝聪明圣智，比隆三代，而臣下不能将顺，造作诸法，上逆天意，下失民心。二圣因民所愿，取而更之，则前者用事之臣，今朝廷虽不加斥逐，其势亦不能复留。尚赖二圣仁慈，育之于外，盖已厚矣。而议者惑于众说，乃欲招而纳之，与之共事，谓之‘调停’。此辈若返，岂肯徒然而已哉！必将戕害正人，渐复旧事，以快私忿。人臣被祸，盖不足言；臣所惜者，宗庙、朝廷也。惟陛下断自圣心，不为流言所感，毋使小人一进，复有噬脐之悔。”

　　疏入，高太后命宰执读于帘前，说：“辙疑吾兼用邪正，其言极中理。”调停之说遂罢。

　　元祐六年，即公元一零九一年，二月，以御史中丞苏辙为中大夫、守尚书右丞，吏部尚书苏轼为翰林学士承旨。

　　如此一来，苏辙离执政只有一步之遥了；而苏轼也已经成为翰林学士之长了。

　　左司谏杨康国即上奏道：“臣累弹苏辙不可为执政，陛下以辙兄弟并有文学，岂不知王安石、章惇、吕惠卿、蔡确亦有文学乎？辙兄弟比王安石则不及，当与章惇、蔡确、吕惠卿相上下，其所为美丽浮侈艳歌小问则并过之，虽辙亦不逮其兄矣。”不听。